魏文杰
个人信息
教育经历
| 时间 | 单位 | 专业 | 学位 | 排名 |
|---|---|---|---|---|
| 2017.09 - 2021.06 | 华中农业大学 | 植物科学与技术 | 学士 | Rank:10% |
| 2021.09 - 至今 | 华中农业大学 | 作物基因组学 | 硕士 | Rank:1 / 107 |
| 2024.09 - ~ (接受录取) | 西湖大学 | 生物学 | 博士 | null |
科研技能
- 编程语言 : Python; Rust; R; Shell; Perl&Julia (调用 / 修改)
- 生物信息分析
- 基因组学 : 三代测序基因组组装、染色体挂载、基因注释；比较基因组分析；泛基因组构建（图形/线性）；泛基因组比对与应用；
- 群体遗传学 : 遗传变异鉴定、群体结构分析 等；
- 单细胞相关 : 单细胞转录组分析；时空转录组分析 等；
- 转录组学 : 常规 RNA-seq 分析流程；差异表达分析；转录本组装 等；
- 数据可视化 : 熟练运用 R/ggplot2，Echarts，Vega-Lite 等工具进行可视化展示；
- Web 应用开发 : 熟练使用 Django 框架进行前后端分离的多组学数据库开发；熟悉 html/css/javascript 基本前端知识；基本掌握 Vue/React 等前端框架；熟悉多种静态网站的开发部署流程 等；
- 编程素养
- 工作环境 : 熟练使用 Linux 系统和 HPC 集群；习惯使用并行加速分析流程；有良好的文件归类和环境管理习惯；
- 记录与版本管理 : 熟练使用 Git；习惯使用 Markdown 进行文档记录；
- 流程开发 ：熟练使用 Python 和 Shell 进行生信流程开发；大样本项目经验丰富；基本掌握 Snakemake 的使用；
- 代码规范 : 基本掌握模块化编程思想；有过 Python 包和 Rust 开源工具开发经验；注重代码可读性、复用性、可测试性；遵循优良的代码规范；
- 科研素养
- 高效的文献分类、管理、检索工作流；
- 可以熟练运用英文进行科研论文写作，有一定的论文审稿经验；
科研 & 工作经历
硕士研究生
华中农业大学 作物遗传改良全国重点实验室 导师：严建兵 教授
2021.09 - 至今
承担 / 参与课题：
- 玉蜀黍属多组学数据库开发 : 2022.02 - 至今 [1]
- 构建玉蜀黍属泛基因组解析玉米演化遗传机制 : 2021.09 - 至今
- 基于泛基因组和结构变异解析玉米遗传变异的生物学功能 -[深度参与]: 部分群体遗传变异的分析；基于遗传变异构建图形基因组并比对 / 评估 / 可视化 [2]
- 利用单细胞时空转录组解析玉米穗部演化机制 -[深度参与]: 鉴定空间上的细胞类型；时间序列上 RNA 速率差异分析；开发了高效的数据处理流程 [3]
- 假高粱定向从头驯化 -[合作]: 构建高质量参考基因组，基因功能注释与基因组特征分析
- 一个调控玉米雌穗发育和产量的基因功能研究 -[参与]: 核酸多态性分析；进化选择分析；转录组分析 [4]
- 玉蜀黍属适应性进化的遗传机制解析 -[参与]: 一代测序数据的多序列比对；数据上传共享 [5]
- 高通量靶向基因编辑体系助力设计育种 -[参与]: 部分基因编辑材料重测序数据的分析 [6]
开源项目
wgatools: a cross-platform and ultrafast toolkit for Whole Genome Alignment files manipulation.
needletail: 目前最快的 FASTX 解析器 (lh3 评估)
crussmap: a faster tool to convert genome coordinates between difference reference assemblies.
more in github
研究方向 & 兴趣 & 目标
利用多基因组比对解析进化、物种形成、适应、驯化的遗传机制
- 利用高质量的参考基因组构建构建系统发育树
- 结合表型、历史证据，鉴定相关的基因型与选择位点
- 趋同、趋异演化的遗传机理
图形泛基因组的高效、完整构建与应用
- 利用系统发育关系与多基因组比对构建图形泛基因组
- 基于图形泛基因组的遗传变异分析
多组学数据与复杂表型变异
- 结合转录组学、表观组学、单细胞水平数据，解析基因的表达调控水平
- 结合环境与生态因素，研究基因的表达调控、表型、生态环境三者之间的通路
分析工具、数据库开发
- 高效生物信息软件开发
- 单/多物种多组学数据库开发
个人荣誉 & 奖励
2022，研究生国家奖学金 - 教育部
2022，三好研究生 - 华中农业大学
2023，湖北省博士后创新创业大赛优胜奖 - 湖北省人力资源和社会保障厅
2023, 首届 Bio-OS 开源开放大赛优胜奖 - 字节跳动
实验室内部考评第一 4 / 4（～ 14 人）
发表论文
- Wei W, Gui S# ,et al. ZEAMAP2.0: A Zea genus multi-omics and multi-modals database for crop design and breeding. in preparation.
- Gui S, Wei W, Jiang C, Luo J, Chen L, Wu S, Li W, Wang Y, Li S, Yang N, Li Q, Fernie AR, Yan J#. A pan-Zea genome map for enhancing maize improvement. Genome Biology. 2022;23 (1):178 IF=20.367
- Wang Y*, Luo Y*, Guo X*, Li Y*, Yan J*, Shao W, Wei W, David J, Liu H#, Liu L#, Yang N#, Yan J#. Integrating single-cell and spatial transcriptomics of developing maize ear elucidates key cell-type-specific co-expression networks. Submitted in Nature Plantss.
- Luo Y*, Zhang M*, Liu Y*, Liu J, Li W, Chen G, Peng Y, Jin M, Wei W, Jian L, Yan J, Fernie AR, Yan J#. Genetic variation in YIGE1 contributes to ear length and grain yield in maize. New Phytologist. 2022;234 (2):513-526 IF=10.768
- Chen L*, Luo J*, Jin M*, Yang N*, Liu X, Peng Y, Li W, Phillips A, Cameron B, Bernal JS, Rellán-Álvarez R, Sawers RJH, Liu Q, Yin Y, Ye X, Yan J, Zhang Q, Zhang X, Wu S, Gui S, Wei W, Wang Y, Luo Y, Jiang C, Deng M, Jin M, Jian L, Yu Y, Zhang M, Yang X, Hufford MB, Fernie AR, Warburton ML, Ross-Ibarra J#, Yan J#. Genome sequencing reveals evidence of adaptive variation in the genus Zea. Nature Genetics. 2022;54 (11):1736-1745 IF=41.307
- Liu HJ*, Jian L*, Xu J, Zhang Q, Zhang M, Jin M, Peng Y, Yan J, Han B, Liu J, Gao F, Liu X, Huang L, Wei W, Ding Y, Yang X, Li Z, Zhang M, Sun J, Bai M, Song W, Chen H, Sun X, Li W, Lu Y, Liu Y, Zhao J, Qian Y, Jackson D, Fernie AR, Yan J#. High-Throughput CRISPR/Cas9 Mutagenesis Streamlines Trait Gene Identification in Maize. The Plant Cell. 2020;32 (5):1397-1413 IF=12.085